Het hart van het leven van de Kloosterkerk is de wekelijkse kerkdienst op zondagmorgen. In de diensten wordt de ontmoeting met God gezocht en gevierd. Het verhaal van ieders leven, met al z’n vragen en twijfels, angsten en verlangens wordt in gesprek gebracht met wat ons wordt aangereikt in en door de verhalen uit de bijbel, de sacramenten, de gebeden, muziek en stilte.

Wat de bijbelse verhalen betreft maken de predikanten graag eigen leesroosters. Zo wordt de verbinding met wat er in de stad gebeurt, wat er in de Kloosterkerk zelf plaatsvindt aan concerten en kunsttentoonstellingen, wat er in de kinderdiensten wordt verteld en wat er in de gemeenschap leeft, het best gezocht en gevonden. Soms sluiten we voor een afgebakende periode aan bij het oecumenisch leesrooster, maar regelmatig wordt er gekozen voor een serie diensten met een thema als rode draad. Zo waren er in het verleden diensten met ‘filosofen op de kansel’, met bijbelse teksten uit de openbare ruimte in Den Haag, met thema’s als ‘groei’, ‘tijd en eeuwigheid’, ‘engelen’, ‘kerkliederen’ of ‘(kerk)muziek’. Ook is er ieder jaar een doorgaande lezing uit een bijbelboek.  Verder wordt soms een meer of minder bekend bijbels personage ‘van onder het stof’ gehaald (bijv. Jakob, Paulus, Ruth, de Richteren), of laten we ons inspireren door een bepaalde periode uit het kerkelijk jaar in de keuze van de teksten. Bij de diensten met cantate is de cantate die wordt uitgevoerd bepalend voor de keuze van de bijbeltekst. Gastpredikanten sluiten soms wel, soms niet aan bij de eigen dienstenseries.